군인 42명과 과학자 7명이 탑승한 연방군 의학탐사선 아우리가 호(USM Auriga, Medical Research Vessel). 이 페레즈 장군이 지휘하는 이 우주선에서는, 200년 전 <에이리언 3>의 격전지였던 행성 피오리 16호에서 찾아낸 리플리(Ellen Ripley: 시고니 위버 분)의 혈액으로부터 DNA 샘플을 채취, 미수정란을 이용한 유전공학으로 리플리를 부활시키고, 이때 함께 복제된 퀸 에이리언의 태아를 리플리의 몸에서 분리해내는 데도 성공을 거둔다. 이들의 목적은 리플리가 아닌 에이리언이며, 이를 길들여 군견과 같은 용도로 사용하려는 목적이었다.
